Appendix I

I. Basics for Self-study

Learn three basick techniques (完成任何一个要求即可：1. 1000行以上的程序； 2. 在线课程的正式或非正式认可，3. 任何其他官方official证书. Examples）

  1. Linux (Editor (e.g. VIM) and Shell Script (e.g. bash))
  2. Python (or Perl)
  3. R (or MATLAB)

  1. Linux: 《鸟哥的Linux私房菜-基础学习篇》， 主要学习以下2部分

    • Editor (e.g. VIM)
    • Shell Script (e.g. bash)

    推荐章节：
    第5章

    5.3.1 man page

    第6章

    6.1用户与用户组

    6.2 LINUX文件权限概念

    6.3 LINUX目录配置

    第7章Linux文件与目录管理

    7.1目录与路径

    7.2文件与目录管理

    7.3文件内容查阅

    7.5命令与文件的查询

    7.6权限与命令间的关系

    第8章

    8.2文件系统的简单操作

    第9章

    9.1压缩文件的用途与技术

    9.2 Linux系统常见的压缩命令

    9.3打包命令：tar

    第10章vim程序编辑器

    第11章 认识与学习bash

    第12章 正则表达式与文件格式化处理

    第13章 学习shell script

    第25章LINUX备份策略

    25.2.2完整备份的差异备份

    25.3鸟哥的备份策略

    25.4灾难恢复的考虑

    25.5重点回顾

  2. Python (or Perl)

    • 《笨办法学 Python》（《Learn Python The Hard Way》）
    • 《Python编程入门》
    • http://www.pythonlearn.com/
    • 《Beginning Perl for Bioinformatics》

  3. R (or MATLAB):

    • Quick R (online)
    • 《R语言实战》 (《R in action》)

2. Practices (QUIZ for self-test)

Link to the Quiz

If you passed 1-2 of the three tasks in QUIZ, Congratulations! You may go to the advanced courses and/or join our lab to start your scientific research.

  1. Bioinformatics: 生物信息导论和方法 [北大, MOOC]
  2. Bioinformatics Specialization [UC SanDiego]
  3. Statistics: Statistics 110 @iTunes U

II. Advanced Reading and Learning

  1. Biological Sequence Analysis:Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acidsby Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison
    (English中文)

  2. 《机器学习》 -- 周志华

  1. Machine Learning by Andrew Ng (CS229): coursera, 网易公开课
  1. Nature Biotech. and PLOS Computational Biology Papers: html, evernote

III. More Reading and Learning

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