3. RNA二级结构预测

I. 上机指南


An Examples of Recursion, Trace Back and VW Tables

II. 上机任务:


  1. 在Windows或Mac中下载RNAstructure软件(下载地址),安装正确版本的RNAStructure,并尝试在windows界面下预测任意RNA序列的二级结构。

  2. 阅读和理解 “recursion, trace back and VW tables.pdf”,了解Dynamic Programing 在RNA Secondary Structure中的应用。

  3. 在Linux Terminal下阅读“Structure Prediction Codes Example”中的source code,尝试运行。

III. 上机作业:


  1. 完成VW Table (maximizing the hydrogen bonds: GC=3,AU=2,GU=2)。

  2. 解释你对Dynamic Programing 在RNA Secondary Structure Prediction(maximizing the hydrogen bonds)中应用的理解。

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