生物信息学实践

格物致知 知行合一

本书是在清华大学《生物信息学导论》上机指南的基础上编写。

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鲁志

2016年6月于清华园


预修课程准备

  1. 基本生物课程:如《遗传学》或《分子生物学》

  2. 基本统计课程:如《概率论》或《生物统计》

  3. 基本数学课程:如《线性代数》

  4. 基本物理课程:如《物理化学》或《生物物理》

  5. 基本计算机课程:如 C语言

推荐教材和参考书

推荐教材:

生物信息学》主编:樊龙江

参考书

生物信息:

  1. 《生物信息学》(第2版)李霞,雷健波,李亦学 等 编

  2. 《Bioinformatics and Functional Genomics》 by Jonathan Pevsner

编程相关:

  1. Linux: 《鸟哥的Linux私房菜-基础学习篇》, 主要学习以下2部分

    • Editor (e.g. VIM)
    • Shell Script (e.g. bash)

    推荐章节:
    第5章
    5.3.1 man page

    第6章

    6.1用户与用户组

    6.2 LINUX文件权限概念

    6.3 LINUX目录配置

    第7章Linux文件与目录管理

    7.1目录与路径

    7.2文件与目录管理

    7.3文件内容查阅

    7.5命令与文件的查询

    7.6权限与命令间的关系

    第8章

    8.2文件系统的简单操作

    第9章

    9.1压缩文件的用途与技术

    9.2 Linux系统常见的压缩命令

    9.3打包命令:tar

    第10章vim程序编辑器

    第11章 认识与学习bash

    第12章 正则表达式与文件格式化处理

    第13章 学习shell script

    第25章LINUX备份策略

    25.2.2完整备份的差异备份

    25.3鸟哥的备份策略

    25.4灾难恢复的考虑

    25.5重点回顾

  2. Python (or Perl)

  3. R (or MATLAB):

    • Quick R (online)
    • 《R语言实战》 (《R in action》)
  4. Bioinformatics Data Skills


如何参与

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许可证

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贡献者列表

成员 联系方式 Github
Zhi J. Lu http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn http://github.com/lulab
Siqi Wang http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn -
Gang Xu http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn -

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