2.3 上机任务&上机作业

I. 上机任务：

1. 了解序列文件（fasta和fastq）

   FASTA format：http://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format

   FASTQ format：http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format

2. 学会在Terminal中运行blast和bowtie。

3. 写一个脚本文件 (run.sh)自动并连续运行一个blast任务和一个bowtie任务。
4. 把sam格式转换为bed格式，并在UCSC Genome Browser上浏览。

Reference：

samtools使用指南：http://samtools.sourceforge.net/

序列文件格式说明：http://www.genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html

UCSC Genome Browser：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway

II. 上机作业：

1. 解释fasta和fastq文件的格式； 并指出两者有什么不同。

2. 解释blast输出的结果。

3. 学会在UCSC Genome Browser上浏览自己上传的bed文件，上交截图。

注，上传bed文件到Genome Browser浏览时，如果文件过大，或MT染色体不识别，可以用如下方法：

grep -v chrmt THA1.bed > THA1_new.bed   #输出一个不含chromosome MT的文件
or
grep chrI THA1.bed > THA1_chrI.bed      #输出一个只含chromosome I的文件