4.2 KEGG
1) Pipeline
2) Data Structure
2a) getting software & data
- go to KOBAS
generate your list of interest genes
ENSG00000001036 ENSG00000003756 ENSG00000008018 ENSG00000012048 ENSG00000043355 ENSG00000074755 ENSG00000079616 ENSG00000089280 ENSG00000100591 ENSG00000100941 ENSG00000101109 ENSG00000101974 ENSG00000104611 ENSG00000104738 ENSG00000105738 ENSG00000113318 ENSG00000114867 ENSG00000116221 ENSG00000116857 ENSG00000117724 ENSG00000119285 ENSG00000121774 ENSG00000127663 ENSG00000127884 ENSG00000128159 ENSG00000129187 ENSG00000130640 ENSG00000131473 ENSG00000134287 ENSG00000134644 ENSG00000136628 ENSG00000137273 ENSG00000146263 ENSG00000153187 ENSG00000160285 ENSG00000164818 ENSG00000164944 ENSG00000167325 ENSG00000167548 ENSG00000170448 ENSG00000179632 ENSG00000183207 ENSG00000187954 ENSG00000196700 ENSG00000196924 ENSG00000198604 ENSG00000198886 ENSG00000198899 ENSG00000206503 ENSG00000223609 ENSG00000272822
2b) Input
| File format | Information contained in file | File description | Notes |
|---|---|---|---|
| txt | Ensembl Gene id | Ensembl gene id (i.e. Homo sapiens ENSG00000001036) |
2c) Output
| File format | Information contained in file | File description | Notes |
|---|---|---|---|
| txt | Output information | The KEGG ontology & enrichment results of each gene |
3) Running Steps
Input->Type勾选 "Ensembl Gene ID"- 将上文中的基因粘贴到文本框中
Database勾选 "KEGG Pathway"- 单击
Run
图1 运行KOBAS
结果如下图所示
图1 KOBAS KEGG 富集结果
4) Tips/Utilities
KOBAS 也可以进行 GO 富集，只需要在 Database 勾选 "GO" 即可
除了 KOBAS 之外，其它软件也能进行 KEGG 分析，如 DAVID
5) Homework and more
使用 KOBAS对以下基因进行 KEGG 富集分析 （Ensembl Gene ID）
- 本章中用 KEGG 分析的基因与 上一章中用 GO 分析的基因是完全一样的，请比较两章的结果，总结两种方法得到的生物学意义有哪些异同。
- （optional）自己找差异表达文献，用其中的基因进行 KEGG 富集分析，并于文献中的结果作比较