Appendix I. Keep Learning

1) Basics for Self-study

Learn three basick techniques (完成任何一个要求即可:1. 1000行以上的程序; 2. 在线课程的正式或非正式认可,3. 任何其他官方official证书. Examples)

  • Linux (Editor (e.g. VIM) and Shell Script (e.g. bash))
  • R (or MATLAB)
  • Python (or Perl)

理论

  • 生物信息学》主 编:樊龙江
  • 《生物信息学》(第2版)李霞,雷健波,李亦学 等 编
  • 《Bioinformatics and Functional Genomics》 by Jonathan Pevsner

编程实践

  • Linux: 《鸟哥的Linux私房菜-基础学习篇》, 主要学习以下2部分
    • Editor (e.g. VIM)
    • Shell Script (e.g. bash)

推荐章节: 第5章

5.3.1 man page

第6章

6.1用户与用户组

6.2 LINUX文件权限概念

6.3 LINUX目录配置

第7章Linux文件与目录管理

7.1目录与路径

7.2文件与目录管理

7.3文件内容查阅

7.5命令与文件的查询

7.6权限与命令间的关系

第8章

8.2文件系统的简单操作

第9章

9.1压缩文件的用途与技术

9.2 Linux系统常见的压缩命令

9.3打包命令:tar

第10章vim程序编辑器

第11章 认识与学习bash

第12章 正则表达式与文件格式化处理

第13章 学习shell script

第25章LINUX备份策略

25.2.2完整备份的差异备份

25.3鸟哥的备份策略

25.4灾难恢复的考虑

25.5重点回顾

  • R (or MATLAB):
    • Quick R (online)
    • 《R语言实战》 (《R in action》)
  • Python (or Perl)
    • 《笨办法学 Python》(《Learn Python The Hard Way》)
    • 《Python编程入门》
    • http://www.pythonlearn.com/
    • 《Beginning Perl for Bioinformatics》

2) Advanced Tutorial

3) Shared Scripts

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